果園管理中，果樹病害所造成的損失，并比低于果樹蟲害所造成的損失，因此在大力推進綠色蟲害防治的過程中，也需要兼顧病害的預防和整治，而應用孢子捕捉器可以指導蘋果、柑橘等果園開展科學的病害防治，有效減輕病害損失，確保果園種植優質高產。

果園中許多果樹的病害都是由于病菌孢子的侵入所引起的，因此要預防病害的發生和嚴重危害，那么嚴密監視果園病菌孢子發生和發展流行，是是從源頭把控的有效方式之一。由于病菌孢子無法肉眼觀察，而是需要通過顯微鏡來觀察分析，因此果園管理中，可以采用孢子捕捉器來收集病菌孢子，原理就是孢子捕捉法，利用載玻片進行捕捉孢子，在顯微鏡下觀察孢子及捕捉數量，準確預測該病孢子飛散使盛期、高峰期、盛末期，為指導果園病害防治提供科學依據。

病菌孢子的發生和流行與環境氣候有很大的關系，例如，造成果樹斑點落葉病的分生孢子一年有兩個活動高峰。第一高峰從5月上旬至6月中旬，導致春秋梢和葉片大量染病，嚴重時造成落葉；第二高峰在9月份，可再次加重秋梢發病的嚴重度，造成大量落葉。在這些關鍵時期，迫切需要采用孢子捕捉器來加強對病菌孢子的監測與分析，另外針對于要求較高的生產或科研場所，還可以采用先進度更高的智能孢子捕捉儀，系統可自動完成孢子捕捉、圖像采集、圖像遠程傳輸等功能，遠程既可了解園中的病菌孢子動態，在減輕測報工作量的同時，可進一步提升病害防治的及時性和有效性。